临床中除体外碎石，常用的三种结石微创手术设备包括输尿管硬镜、输尿管软镜、经皮肾镜。如选用硬镜方式，手术时间则取决于结石部位，下段结石手术时间非常短，在15分钟以内，不会超过30分钟；而对于复杂输尿管结石，比如存在息肉、狭窄、炎症粘连、包裹，手术时间相对延长。
并非所有的结石手术都很快，软镜手术如果顺利，处理单发的、1.5cm以内的小结石，结石负荷量较小，可在半小时左右完成手术。如果为复杂、多发结石且合并有输尿管本身狭窄，输尿管开口寻找非常困难，无论是硬镜还是软镜均需较长时间。
手术时间还与术中出血有关，特别是进行经皮肾镜手术时，穿刺部位刚好临近血管出血，需换角度或换通道再去建立通道，其次术中出血易影响视野，造成视野不清，需要反复调整角度或器械完成手术，手术时间便相对延长。
