早上起来总打哈欠，通常是由于前一天晚上睡眠不足所导致。睡眠数量、睡眠质量不良，或睡得过晚、睡眠时相不对等因素也可引起患者早上打哈欠。而疾病也可导致患者出现睡眠不良，如不安腿综合征、睡眠期癫痫、睡眠中行为异常、周期性腿动或腓肠肌痉挛引起疼痛感、骨关节疾病等，均可引起夜间睡眠不良，也会出现早上起来打哈欠的表现。

部分患者脑供血不足，尤其对于存在脑血管病的患者，晨起后脑供血不足，也会出现打哈欠的情况。阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征的患者在夜间会出现憋气的情况，导致脑部缺氧，从而引起晨起打哈欠的症状。此外，心理疾病、心脏疾病以及甲状腺功能亢进等疾病也可影响睡眠，导致患者晨起后出现睡眠不足、打哈欠的表现。