儿童骨肉瘤是发病率相对较低的少发肿瘤或罕见肿瘤，发病原因目前尚未明确，总的来说主要有以下几点：

1、骨肉瘤本身的发病和基因改变有密切关系，最新数据提示骨肉瘤的发生与基因碎裂、基因重组以及很多的基因突变有非常密切的关系；在骨肉瘤的研究中发现骨肉瘤患者有很多的基因拷贝数变异和基因突变，这些都会导致和肿瘤细胞生长密切相关基因的改变；这些基因发生改变后会导致肿瘤细胞的生长不受控制，并且容易发生远处的转移；

2、遗传性因素，部分遗传性疾病的综合征，如Li-Fraumeni综合征发生骨肉瘤的概率非常高。

目前儿童骨肉瘤病因尚未明确，但可能与基因相关。