腔隙性脑梗死指颅内深部白质基底节区或者脑干白质区域，出现较小的局灶性脑坏死情况，主要是由于穿通动脉闭塞所致。脑血管是大血管，通常会沿着脑表面或者是颅底表面走行，而在血管走行过程中，不断发出穿通动脉，深入脑实质内部并给脑深部细胞供血，并供给营养成分。在穿通动脉发生闭塞后，则可导致出现腔隙性脑梗死。

通常腔隙性脑梗死引发脑细胞缺血坏死范围或者体积比较小，在CT或者核磁共振上通常可以发现直径在0.5-2cm的脑白质深部软化灶。但目前也有研究发现，部分脑穿通动脉有分支发出，而如果这种大穿通动脉梗死，此时基底节区梗死范围可能比较大，也属于腔隙性脑梗死。