中药灌肠可以辅助治疗卵巢囊肿，且对于炎症性的卵巢囊肿治疗效果会更好。卵巢囊肿是临床上一种常见的妇科疾病，卵巢囊肿中有部分患者单纯是炎症性，通过口服活血化瘀、清热解毒的中药，同时配合中药灌肠的办法，可以较好地改善患者的白带增多、小腹坠胀等不适。

如果患者囊肿体积较小，中药的治疗效果可能会比较明显，通过中药灌肠、中药口服等治疗之后，囊肿可能缩小，甚至消除。但对于卵巢囊肿中的巧克力囊肿，由于其是子宫内膜异位症的一种表现，因此中药灌肠的办法只能够帮助巧克力囊肿患者减轻痛经，但对于缩小或消除巧克力囊肿，无论是口服中药，还是中药灌肠，可能都没有办法达到满意的疗效。