治疗脑型疟疾目前首选的是青蒿素类药物，在临床上使用较多的如青蒿琥酯、蒿甲醚，采用静脉注射，或者是肌肉注射的方式，可以快速有效的降低，在人体运输中的载量，从而能够快速挽救脑型疟疾的患者。

目前采用这种方式，死亡率依然较高，在部分地区死亡率超过了50%。因此，对于脑型疟疾的患者，早期全程足量使用抗菌药，是治疗脑型疟疾的重要要求。同时还要使用脑细胞的保护药物，或者是降低颅内压，加快脑细胞代谢的药物，这些综合抗疟保护治疗的措施，可以及时挽救脑型疟疾的患者，从而使得患者能够快速恢复。

脑型疟疾是疟疾最重要的表现形式，大多数患者都会出现中枢神经系统功能障碍，如昏睡、昏迷、抽搐、肢体活动障碍、恶心、呕吐、脑疝等。