经皮肾镜取石术随着技术的不断进步，并发症越来越少，但是不管技术再高，准备情况做得再好，可能也会出现并发症。若出现大的并发症，如感染性休克没有及时控制，可能带来死亡危险，术后肾出血没有及时控制，或者出血量比较大，手术过程中伤到了肾动脉、下腔静脉，可能需行肾切除。

如果伤到肠管，还要做肠切除、肠吻合。若出现比较大的并发症，会给患者带来后遗症，但在B超技术应用成熟、X线技术支持下，出现概率很低，一旦出现，对患者影响比较大。