对于早期角膜真菌感染的患者，建议使用药物治疗，如纳他霉素、伏立康唑。大部分患者经过药物治疗后，真菌感染可控制住，但是会在角膜上遗留瘢痕。如过在药物治疗半年以后没有复发，患者可以再做角膜移植手术将瘢痕祛除。

角膜真菌感染是角膜感染性疾病中较为严重的一类，20-30年以前没有特别好的药物，可能有一半真菌感染的患者需要做眼球摘除。随着新药物的研发，伏立康唑、纳他霉素、两性霉素类均为较好的抗菌药，现在大部分真菌感染可得到控制。