感染按病原体的类型分类，比较常见的是细菌感染、病毒感染、支原体、衣原体等微生物感染，广义上还包括寄生虫感染，这些属于感染性疾病。

引起泌尿系感染比较常见的是细菌感染，有革兰氏阴性杆菌中的大肠杆菌，还有革兰氏阳性菌属中的肠球菌、葡萄球菌属。除此之外也会有病毒感染，比如肝炎、病毒性肺炎等，支原体、衣原体感染也会导致呼吸道、泌尿道、生殖系统感染，同时还包括寄生虫病。