先天肛门闭锁必须通过手术治疗，否则难以解决。单纯肛门闭锁、肛门畸形，根据不同位置，包括不同手术方式。位置较低肛门闭锁，可进行一期肛门成形术。对于位置较高或中位肛门闭锁，需采用分期手术。如新生儿期做肠造瘘，将肠道置于腹腔外。一段时间后，再行肛门成形术以保证远端干净，手术治疗后效果较好。伤口愈合后将肠道回归原位。

综上所述，中、高位肛门闭锁可采用分期手术形式，保证患者肛门功能及手术质量。低位肛门闭锁，可选一期肛门成形术治疗。