口腔扁平苔藓的治疗主要分为全身治疗与局部治疗，西药用免疫抑制剂、激素、去角化的物质、维生素类药物，在不同的阶段给予不同治疗方案。口腔里出现白纹时，要采用去角化治疗。口腔里充血较明显，吃刺激性食物会痛的情况下，就要使用免疫抑制剂、激素类药物。糜烂时用不同的方案来治疗，总之根据病情给予不同的方案。
中医采用辨证论治与整体治疗的方式，根据患者全身情况及不同体质给予不同方药治疗。除全身用药之外，还给患者口腔里涂擦药物，充血时消炎药物逐步局部的涂擦。通过内服和外用的方法，口腔扁平苔藓患者大部分能够愈合。