精子畸形率高的病因包括常见的泌尿生殖道感染、内分泌紊乱、吸烟过度、酗酒，其它原因如化学制剂、辐射、环境污染、服用某些药物等因素，应采用针对性治疗。

若男性因生殖道出现感染而导致精子畸形，应进行抗炎治疗，如左氧氟沙星片、阿奇霉素。若男性因内分泌出现异常导致出现畸形精子，应尽量调整自身内分泌功能，如泌乳素高应去排查相关的垂体病变。如果男性因染色体存在异常导致畸形精子，则需明确此问题治疗难度与氧化应激损伤，可适当服用维生素，若保守治疗难以奏效时应考虑辅助生殖技术，具体以医生建议为准。