肝癌消融术后常见副作用是疼痛以及发热，疼痛以局部疼痛为主，发热是肿瘤在消融术后引起坏死组织的吸收热，以低热为主，一般不会超过38.5℃，3-5天后可以逐步缓解。如果体温长时间没有下降且热度上升，需要考虑是否有感染、肝脓肿等。

如果出现其它组织器官损伤，将会导致不常见副作用，如胆管、血管损伤，可导致腹腔出血、胆管感染等，需要积极处理。此外，可能会出现肿瘤针道转移，或穿刺到肺部，引起气胸、血胸、呼吸困难等。如果穿刺针穿刺到心脏，可能会引起心包出血。熟练医生在影像学引导下进行肝癌消融术较为安全。