三叉神经痛的病因较多，最常见的病因是由于血管在颅内压迫到三叉神经的主干导致。血管压迫三叉神经以后，会对三叉神经的主干产生一些刺激作用，导致三叉神经的神经纤维出现变性，或者是脱髓鞘，神经的兴奋性就会进一步增高。
正常的三叉神经支配面部感觉，可以去感受外界的刺激，当血管压迫神经，异常的刺激导致神经变性以后，患者就会出现神经的自发的异常的兴奋，导致在没有痛觉刺激的情况下出现自发的痛觉过敏，导致三叉神经痛。
三叉神经受到刺激以后，神经的变性有可能是被血管压迫，也有可能是被周围颅内的异常的纤维结构压迫，甚至有些多发性硬化的患者，可能会出现神经本身的变性，也可以导致三叉神经痛。因此，三叉神经痛的病因相对比较复杂。