肠镜是从肛门口将镜身插入，先后经过直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，最后可以看到回盲部甚至小肠末端。肠镜检查的目的是判断结直肠黏膜是否存在异常，如黏膜溃疡、糜烂，有没有长息肉、憩室、肿瘤、肠道血管发育异常等。

除了检查有无异常以外，还可以做治疗，如看到息肉且大小合适，还可以做肠镜下活检、肠镜下息肉切除，或黏膜剥脱、黏膜下切除等治疗。对于大的肿瘤可以取活检明确肿瘤病理类型，以决定后续是否需要手术治疗。对于某些血管发育异常如毛细血管扩张或有静脉瘤或有小动脉出血，也可以做镜下治疗来止血等。

肠镜检查的目的是排除器质性疾病，才能对肠道功能性疾病下明确诊断。