肛瘘之间的差距非常大，有的患者第一次得肛瘘就来做手术，而且是个比较低位的肛瘘，就非常简单，属于低位单纯性肛瘘，可能5分钟就可以做完，简单的肛瘘也需要认真的检查，包括术前和术后切开瘘管以后，检查不要有遗漏，因为肛瘘有很多复发都是因为有遗漏。而且做肛瘘手术只是切开或者是挂线，不做瘘管剔除。如果要把瘘管剔除，就是把所有的坏死组织都剔除，对肛门的损伤较大。只是切开使充分接触氧气，暴露得非常好，引流得非常通畅，新鲜的肉芽组织就会爬得很快，而且坏死组织见氧以后自动液化坏死就会引流出去，正常组织是一点都不被破坏的。
高位肛瘘的手术过程就比较长，最复杂的肛瘘可能需要1.5个小时，因为管道多、管道高，所以非常复杂，检查起来就很困难，而且一定要避免遗漏而引发第二次手术。而且高位复杂性肛瘘还需要进行挂线，时间较长，在1-1.5个小时左右。