肺静脉异位引流手术后的并发症，可简单分为近期并发症和远期并发症。近期并发症同多数与心脏手术类似，可出现早期心脏切口出血、呼吸道梗阻、肺部感染、急性肾功能衰竭等。由于完全型肺静脉异位引流可引起左心功能受限，心脏内畸形矫正后，左心负担增加，还需注意维护心脏功能。

远期并发症常见于重建肺静脉和左心房吻合口狭窄，导致血液回流受限。因此在术后一段时间内，需密切监测吻合口、左心功能及左心结构的具体情况。