面肌痉挛进行的微血管减压手术是开颅手术，开颅手术常见的不良反应，微血管减压手术都可能出现，包括一过性的发热、头痛、恶心、呕吐、颅内积气、伤口感染、皮下积液等。在较大的神经外科中心，目前手术的安全性已经比较高，患者出现不良反应的发生率较低，偶尔可能会出现并发症，包括术侧听力下降、面瘫、一过性的复视、声音嘶哑、饮水呛咳等。

面肌痉挛微血管减压的手术，通常会采取在显微镜下或是内镜下进行，放大数10倍的情况下，出现其他神经损伤及血管损伤的可能性较小，所以患者出现不良反应的可能也非常低。