肛瘘症状可表现为反复肛周感染，可见小儿肛旁脓肿处不定期出现脓头，要及时处理。如切开或挑破排出脓液，避免脓液集聚于瘘管内出现反复感染。及时发现、及时治疗，部分患儿可治愈。

超过3周岁后，反复发作者建议手术治疗。手术治疗包括瘘口切除、挂线治疗。现阶段多数采用挂线治疗，术后复发可能性较低、损伤较小。挂线治疗即边切割、边愈合，等缝线脱落后，皮肤、伤口基本愈合。