鳖甲性味甘、咸、寒，归肝经和肾经，鳖甲的功效主要是滋阴潜阳、退热除蒸、软坚散结。鳖甲长于滋肝肾之阴，特别适用于肝肾阴虚造成的阴虚内热、阴虚风动、阴虚阳亢等。对于阴虚内热证鳖甲的治疗作用不及龟甲，但是鳖甲长于退虚热、除骨蒸，多用于治疗温病后期阴液的耗伤、夜热早凉、热退无汗，常常和丹皮、生地、青蒿等同用。
治疗阴血亏虚、骨蒸潮热，常常和秦艽、地骨皮等同用。主治阴虚动风、手足抽动，常和阿胶、麦冬、生地同用。鳖甲可以治疗癥瘕积聚，鳖甲味咸，可以软坚散结，适用于肝脾肿大等癥瘕积聚，常常和活血化瘀、行气化痰的药物配伍，治疗痎疟日久不愈、胁下症瘕痞块等。鳖甲可以用醋来进行炮制，醋性酸、入肝，醋鳖甲可以增加软坚散结的功效。
