痔疮手术对肛门功能影响微乎其微，绝大多数情况下痔疮手术后不会遗留严重后遗症。后遗症指经过治疗，症状得到明显缓解，或痊愈后在功能或结构上遗留缺损且长期存在，或缺损恢复极其缓慢。
肛门所产生的后遗症为肛门的控便功能受到影响，如肛门无法控制大便或肛门出现狭窄，难以开放至之前大小，即柔韧性出现问题。而痔疮手术切除的为肛管表面痔组织、疮块，并不会损伤肛门肌肉，即控制肛门的括约肌，因此大多情况下不会损伤肛门的控便功能。
但如果痔疮体积较大，如环状痔，痔疮切除则可导致肛门皮肤缺损过大，愈合后形成瘢痕，从而导致挛缩或肛管狭窄。对于肛门或肛管狭窄，需再次手术予以修复。
