阴茎短小是否影响生育，关键是看一个人能够完成性生活。如果个体能够完成正常同房，能够在女方体内射精，精子质量又不太差，则不会影响生育。很多的阴茎短小只是患者的一种自我认识，自己觉得阴茎短小，但实际从临床医学的角度去评估并不小，故这些所谓的阴茎短小并不影响到生育。
如果个体的阴茎短小，不能够和女方达到满意的性生活，不能够完成同房，就会影响到生育，因为完不成同房，则精子和卵子就不会结合，也不能形成胚胎，所以综合而言如果仅仅是主观上的阴茎短小，但能够完成正常的同房，不会影响生育。如果阴茎短小导致不能完成正常同房，在一定程度上会影响到生育。
