对于腔内生长较小的间质瘤，可以选择内镜下的切除，包括ESD、EMR切除，相对创伤小，恢复快；对于肌壁间型或者腔外型的间质瘤，则可以选择外科手术治疗，包括腹腔镜的微创手术治疗还有常规开腹手术；对于非特殊部位的间质瘤，如果肿瘤体积不是特别大，绝大多数可以通过腹腔镜微创手术进行处理，其创伤小、恢复快。

胃肠道间质瘤是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，可以发生于全消化道，以胃和小肠最为常见。其来源不同于以上皮来源为主的胃癌、结肠癌等，因此决定了其生物学行为、治疗、手术方式不同于癌症。胃肠道间质瘤在生物学上可以从良性到恶性，但是很少发生淋巴转移，大多数＜2cm的GIST(胃肠道间质瘤)或＜1cm微小间质瘤均被认为是良性。