婴儿心肌缺血非常严重，可导致本身发育并不成熟的心脏发生进一步创伤，所以一旦出现婴儿心肌缺血，首先要查明原因，较常见的有心肌炎、心肌病及先天性心脏病等，这些因素所造成心肌缺血很可能引发心力衰竭、呼吸衰竭、反复炎症感染、发育障碍，严重的甚至可危及患儿生命。

明确导致婴儿出现心肌缺血的原因，针对原发疾病进行治疗，才可预防心肌缺血导致的并发症，从而提高患儿生存率。婴儿恢复能力非常强，早期发现，积极治疗，往往预后可以改善。