反应性关节炎往往有原发肠道感染以及泌尿道感染，多数患者针对性治疗需在1-2年以上，病情才能控制稳定，疗程比类风湿关节炎短。对于类风湿关节炎，主张治疗三年以上才能达到控制，使疾病处于稳定或者低活动状态。

反应性关节炎在治疗上需要使用抗生素，因为该病与风湿热、咽喉部链球菌感染等相似。明确肠道、泌尿道反复感染后可加用抗生素以及免疫抑制剂，比如柳氮磺胺吡啶、沙利度胺、甲氨蝶呤等这类药物。