肛瘘为肛肠科的常见疾病，为慢性感染性疾病。从临床症状分为简单性肛瘘及复杂性肛瘘，如何判断肛瘘是否为复杂性肛瘘。若肛瘘的瘘管走行较复杂，如有多个瘘管、瘘管有多个瘘口，或瘘管波及肛门括约肌位置较高，波及括约肌较多，手术可能导致出现肛门控便功能下降。同时肛瘘位置是否在前方，即靠近会阴中心部位，靠近阴道或靠近外生殖器方向的肛瘘，女性患有肛瘘，此类都为复杂性肛瘘的诊断要点。

即在上述情况下，都有理由将其称为复杂性肛瘘。复杂性肛瘘治疗起来可能有困难，准确寻找到内口或准确将瘘管的瘘道完全打开，在手术操作上较复杂，或肛瘘经过治疗复发可能性较大。手术治疗后可能使患者产生肛门控便功能下降的可能性较大，此类情况都可称为复杂性肛瘘。