氟尿嘧啶去除疣体所需要的时间是并不确定，因为疣体的去除，除了药物的因素以外，还取决于疣体本身大小的情况、患者本身的免疫状态，和疣体的生长的速度等。通常建议患者使用氟尿嘧啶乳膏，如果连续用药，观察两周的时间都没有明确的疣体减小，或者消退的迹象，就需要停用药物来进行治疗。此时就需要换用其他的治疗方式，比如采用物理的治疗，例如冷冻或者二氧化碳激光的治疗方式。

临床上确实可以使用氟尿嘧啶来治疗HPV感染导致的疣体，包括寻常疣、扁平疣和外阴的尖锐湿疣。但氟尿嘧啶对皮肤具有一定的刺激性，在抹药之后局部皮肤可能会出现红肿，可能会出现皲裂，可能会出现刺激性疼痛，如果出现了明显的副反应，就需要酌情地停药。外用药物有其好处，外用药物整个操作更加简便，患者在家里面都可以自己使用药物来进行治疗。但是如果连续使用氟尿嘧啶两周都没有明确的疣体减小或者脱落的迹象，就需要更换治疗方式。

外用药物除了氟尿嘧啶以外，还可以选择的有鬼臼毒素、咪喹莫特，都是临床效果比较确定，而且对皮肤的损伤也相对比较小的药物。疗效比较肯定的治疗方法，还是建议患者到医院，采取物理治疗方式，包括液氮冷冻、二氧化碳激光，或者做光动力的治疗来去除疣体。