脑干出血的后遗症治疗，主要包括控制血压及康复治疗等，具体如下：

1、控制血压：需对引发脑干出血的原发疾病进行治疗，脑干出血最常见的原因是高血压病，因此脑出血后需控制好血压，把血压控制在正常范围以内，需终身服药，将血压控制在130/80mmHg以下，此为最佳血压状态，控制好血压避免再次出血至关重要；

2、康复治疗：对脑干出血后遗症需进行康复治疗。主要包括针灸 、理疗、按摩以及康复锻炼。脑干是重要的部位，所有的上下行的神经传导束，颅神经的脑干神经核都在此部位，一旦出血会导致严重的传入神经和传出神经的障碍。另外也会出现颅神经的障碍，可出现偏瘫、偏身感觉障碍、偏盲、失语、吐音不清等症状，这些症状的好转，都需要康复治疗。