新生儿5mm房间隔缺损产生左向右的分流量较小，定期观察即可，少数患儿可能自愈，大多数自愈的可能性较小。因为房间隔缺损和室间隔缺损不同，室间隔缺损特别是位于膜周部或三尖瓣隔半瓣，由于血流冲击、组织粘连，可能出现自愈。
对于房间隔缺损来说，房间隔组织较薄弱，所以自愈能力较小。因此，对于新生儿房间隔缺损5mm，可以定期复查心脏超声，如果不能自行闭合，必要时可以等患儿年龄较大时进行介入或手术治疗，以达到临床治愈的目的。