检查肛肠的方法有很多种，包括医生做的指检。指检是最基本的检查，但指检非常重要，能够摸出很多病变，如70%的直肠癌能够用指检摸出来。另外肛门镜、结肠镜、全结肠镜等也是常规采取的办法。超声包括普通超声、肠腔内三维360°立体超声。如超声可以分辨出肿块范围、肿块浸润程度。另外CT、磁共振等也是很重要的检查，常规用磁共振来判别直肠癌程度，再来制定具体治疗方案。

灌肠造影、肛门功能性检查、结肠运输试验、排粪造影等也属于造影。肛门肛管压力测定等属于便秘功能性检查，还有肌电图等检查，针对不同情况、不同病情可以选择合适的检查方法。