增强CT和增强磁共振的准确率相当，尺有所短，寸有所长，二者各有优势。增强CT对于肺内病变的检出率高于增强磁共振，尤其是对肺内很小的病灶。对于轻微骨折，比如青枝骨折，增强CT的检出率也高于磁共振。

增强磁共振也有一定的优势，如神经系统疾病，包括肿瘤、炎症、结核、脓肿、梗塞等病变的检出率更高。因为磁共振是多参数、多序列扫描，可以从多个角度检查病变，而CT只有密度指标。对于骨肌系统和实质脏器的病变，比如肝脏、胰腺，增强磁共振效果更好。