亚急性甲状腺炎病因尚未完全明确，多数临床患者发生于上呼吸道感染后。

发病时在患者血清中可检查到某种病毒的抗体滴度升高，即可认为是因为甲状腺感染到某种病毒，如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒，从而引起本病。本病也可能与非病毒感染有关，如Q热或者疟疾。

在该病活动期患者的血循环中，发现有各种抗甲状腺抗体，所以本病的发病不除外自身免疫异常。另外遗传因素也可能是本病的发病原因之一，如具有HLA-B35基因。