新型隐球菌性脑膜炎是颅内真菌性脑膜炎，真菌也叫隐球菌，80%易发生于枢神经系统，因此称为隐球菌脑膜炎。针对这种脑膜炎主要用抗真菌药物，临床上常用的抗真菌药物为两性霉素B或者氟胞嘧啶和氟康唑联合治疗。对于联合治疗，可以参考国际和国内联合治疗方案，参考要分两个阶段的治疗，前期阶段叫诱导强化期治疗，需要6-8周时间，甚至更长；后期阶段叫巩固期治疗，需要3-4个月的时间，甚至更长。在强化期一般使用两性霉素B联合氟胞嘧啶进行治疗，在巩固期一般单用氟康唑进行巩固治疗。
我国隐球菌感染治愈率大概是80%-85%。除使用药物抗真菌治疗之外，还要控制颅内高压，这类疾病治疗后死亡率约为15%-20%，主要原因为颅内高压控制不佳导致患者最终发生脑疝而死亡。颅内高压急性期一般需采取腰大池引流或者脑室外引流进行控制，少数则需在采取积极抗真菌药物治疗的同时，进行脑室腹腔分流手术。
