只有少部分结石可以从自然管道排出体外，如胆囊或胆管内泥沙样小结石，可以通过十二肠乳头排放到十二指肠，并且随着大便排出到体外。但大部分结石无法通过上述途径排出到体外，包括胆囊以及肝内胆管中较大的结石，通常需要进行手术才能将结石取出。另外，目前大部分结石无法通过药物溶解排出体外。

胆囊管本身的直径只有几毫米，而超过一厘米的胆囊结石则不可能通过胆囊管排出。并且肝内的结石容易粘附成团，呈泥沙状改变，也很难通过自然管道排出，此时只能通过手术将病变的胆囊切除，或者将胆管打开，通过冲洗将结石排净。