试管也有可能发生宫外孕，试管通常已经在体外形成胚胎，胚胎再移植到子宫腔内，但移植后的胚胎并不是立即着床。对于卵裂时期的胚胎，胚胎通常在宫腔内游荡1-3天左右才会着床，因为合体滋养层细胞未分化，尚不具备着床能力。囊胚移植后，会有1天左右的时间着床，在1-3天时间内，胚胎可以到处游动，最常游动的位置是输卵管。

只要输卵管未结扎，输卵管管腔通畅，则有可能从宫腔进入输卵管管腔。部分患者进入输卵管管腔以后可以回来，如果部分患者患有输卵管炎，或输卵管通畅度较差，则可能有去无回，就停留在输卵管，甚至通过输卵管进入腹腔、卵巢或阔韧带，从而发生宫外妊娠，称为宫外孕，上述可能性皆有。所以做试管婴儿前通常会和病人谈话，说明试管同样存在宫外孕、流产等可能性。