肺结核诊断最可靠的依据，是细菌学诊断标准。细菌学的标准可以来自于呼吸道分泌物，及经纤维支气管镜肺泡灌洗获得的标本、涂片培养发现结核杆菌。还可以通过病灶经皮肺穿、组织活检、细胞学、组织学病理，发现朗罕氏巨细胞，也是肺结核诊断可靠的诊断依据。

大多数肺结核患者，无法获得呼吸道分泌物结核杆菌阳性的诊断标准，再加上患者本身不是从呼吸道排菌的菌阳者，结核性胸膜炎的胸腔积液不是结核杆菌在局部生长繁殖导致的胸腔积液，因此在胸腔积液里也无法找到细菌学的诊断依据。肺结核的组织学、细胞学的标本为有创，不经过有创的途径无法获得细胞学和组织学的病理标本。因此多数情况下，肺结核的诊断依靠临床症状、体征、胸部X线的病灶，结合实验室、结核菌素试验、T细胞斑点试验等综合评判、分析、诊断。有时还要依靠经验性抗结核治疗，来佐证肺结核诊断的确立。