多数生殖细胞瘤对放化疗敏感，由于病理活检即手术或穿刺活检属于有创性检查，目前多采用的临床诊断方法为试验性放疗，很多可以经过放疗治愈。部分颅内生殖细胞瘤需要手术，但肿瘤常位于脑中线结构，尤其是松果体、鞍区以及第三脑室等部位，手术可能对脑深部结构产生较大影响，术后容易引起脑积水，因此有时术后清醒时间可能较长。

但目前还没有大的临床试验探索颅内生殖细胞瘤患者术后清醒时间的问题，一般与临床医生手术技巧、临床经验及个体差异性存在一定关系。一般在大的肿瘤中心、大神经外科等进行手术治疗，往往效果较好。