脑膜炎奈瑟菌是原核细胞，是一群革兰氏染色阴性的双球菌，是β-变形菌类的一属无芽孢、无鞭毛、有菌毛、专性需氧、氧化酶阳性的细菌。奈瑟菌是呈球形、成对排列，形似咖啡豆的革兰氏阴性球菌，通常位于中性粒细胞之内，而在慢性淋病发生时常在细胞外，所以脑膜炎奈瑟菌属于细菌，细菌属于原核生物，原核生物除细菌外，还有支原体、衣原体、立克次氏体、放线体等。

原核生物是由原核细胞组成的生物，真核细胞组成的是真核生物。真核细胞和原核细胞的区别，就是真核细胞中是有核膜包被的成型的细胞核，而原核细胞中没有核膜包被的细胞核，只在核区有一个裸露的DNA，也没有与蛋白相结合形成的染色质，细胞质内除核糖体以外，没有其它细胞器。细菌的结构有细胞膜、细胞质和细胞壁，这是所有细菌的共同结构，但是有些细菌有特殊的结构，如芽孢、鞭毛、菌毛等，这些与致病性有一定的关系。