关于儿童精神分裂症这个疾病，确切病因并不清楚。现在精神科大部分疾病跟遗传因素、环境因素有关系，儿童精神分裂症也是遗传因素和环境因素相互作用的结果。如果两系三代家族里面有精神异常的亲属，子代出现精神异常的风险可能要比普通人群要高，但并不代表一定有遗传，所以不用过度恐慌；另外一个因素是环境因素，环境因素包括很多方面，所谓的环境因素包括小环境也包括大环境。大环境可能会有很多空气污染等因素，空气的污染可能在母孕期会导致母孕期的其它问题，如母孕期感染问题，妊高症问题，糖尿病导致母孕期胎儿缺氧的问题，或者出生时产程过长、脐带绕颈等原因导致的缺氧状况，都有可能影响神经发育。
现在有一个观点认为儿童精神分裂症是神经发育疾病，常常也会说是退行性神经退行性病变的一类疾病，所以这些环境危险因素可以避免。遗传因素和环境因素相互作用，然后导致疾病发生和发展。如果一旦诊断是该疾病，必须积极干预，对症处理，进行心理上的支持，让孩子保持比较好的预后。