CT危害主要为X线电离辐射，电离辐射对人体损害主要分为两种，即非随机发生损害和随机发生损害。通常单次CT射线剂量较小，几乎可以忽略不计。

CT辐射危害主要和射线剂量与人体组织敏感性相关，人体组织敏感性可以分为高度敏感、中度敏感、低度敏感和不敏感组织。不同人群对X线敏感性不同，儿童和孕妇对射线相对较为敏感，非必要情况下应尽可能减少X线检查，可以进行其它替代类检查，例如磁共振检查。人体神经组织、腺体组织对射线相对敏感，过量射线接触会增加肿瘤发生几率，临床需要高度注意。