冷冻胚胎移植需内膜在有接受性情况下才可移植胚胎。对于不同女性内膜准备方案不同，如月经正常女性可正常排卵，则可选择自然周期胚胎移植；而月经不正常的患者，无合适排卵时间，则无法确定内膜接受胚胎的时间，因此会给患者进行人工周期，又称激素替代周期内膜准备进行胚胎移植；此外也可进行促排卵周期的内膜来准备，此为内膜准备的三个方案。

三种方案经过大数据比较，移植胚胎后怀孕几率相同。因此对于月经正常的患者而言，建议选择自然周期冷冻胚胎移植，符合其生理状态。且也有研究提示自然周期胚胎移植怀孕后，并发症如先兆子痫的发生率比人工周期低，故建议进行自然周期胚胎移植。而对于特殊要求，无时间或月经不规律的患者，也可考虑做替代周期或促排卵周期。