肛门内有很多正常菌群，以厌氧菌为主。其次是一些需氧阴性杆菌，比如大肠埃希菌。所以，大便培养对于一般细菌培养无意义，主要针对一些特殊病原菌。

如果化验单没有特殊注明，粪便细菌培养一般针对志贺菌和沙门菌，志贺菌主要引起细菌性痢疾，沙门菌主要引起沙门菌肠炎。在特殊地方或者特殊季节，比如山东每年5月1日到10月30日需要进行霍乱弧菌培养，需要临床医生在化验单上特殊注明，因为培养条件、培养温度、培养范围与一般细菌不同。