对于帕金森的手术时机随认知不断变化。初期药物治疗无效后再进行手术治疗，后期研究发现如药物治疗无效，出现较重并发症时手术效果较差。目前研究成果认为对于早期、中期病人，可使用脑起搏器进行治疗，效果较好，通常病情中期即可考虑进行手术治疗。
建议一旦病人用药后疗效波动，或用药后出现较重药物副作用，如异动症、冻结症状时，即可进行手术治疗。部分患者可能病程发展比较慢，用药8-9年才开始出现药物控制较差，有些患者可能3-4年即可出现，所以很难从年限来判断。
通常可以根据药物控制时间、整个生活质量、病人年龄等进行判断，患者年龄越小，手术效果越安全，疗效越好。