大部分咽旁囊肿是由于慢性咽炎刺激而产生分泌物，使患者局部黏膜较松弛，导致分泌物在局部潴留而形成咽旁囊肿。小的咽旁囊肿可能无任何症状，随囊肿逐渐长大，患者可能出现咽部异物感、不适感、哽噎感等症状。对于小咽旁囊肿且无任何症状的患者，可以不进行处理，在近期随访观察中、小咽旁囊肿引起症状后，可以进行手术切除。
由于咽旁囊肿患者存在易复发倾向，因此切除咽旁囊肿后，需对患者进行密切随访，特别是在患者术后3-6个月内进行随访。如果患者出现复发倾向，需及时处理。一般对于咽旁囊肿诊断，需根据咽旁囊肿患者的症状，再通过对咽旁囊肿患者的局部检查，可以观察到咽旁部有黄色、透明的新生物，再根据医生以往的经验等方面初步判断是否为咽旁囊肿。如果患者进行咽旁囊肿的确定诊断，需将咽部新生物进行切除送病理，由病理科制作成病理切片，通过在显微镜下观察咽旁囊肿细胞排列，才能确定患者是不是患有咽旁囊肿。
