复杂性先天性心脏病主要针对简单性先天性心脏病而言，临床将法洛氏四联症、右室双出口、大动脉转位、单心室等疾病称为复杂性先天性心脏病。此类心脏病可伴随患者终生，基本无法通过手术治疗获得痊愈，仍可引起心律失常、心衰、高血压等异常，后期甚至需进行起搏器植入或心脏移植。

总体而言，多数复杂性先天性心脏病患者预后效果较差，寿命较短，通常30-50岁即可出现异常。