半夜醒来眼睛疼的原因有多种，具体如下：

1、感染性疾病：比如眼疮、麦粒肿，这种情况是眼皮疼痛，尤其是化脓时眼皮会较胀，晚上疼痛较剧烈；

2、视疲劳：比如近几天用眼多，尤其是熬夜会造成晚上眼睛胀痛；

3、干眼症：一般是白天用眼较多，尤其是用电子产品，比如手机、电脑，造成眼表损伤，尤其是角膜上皮点片状脱落，到了晚上也会引起眼睛异物感加重，引起眼睛疼痛；

4、青光眼急性发作：闭角型青光眼往往在晚上大发作，因为晚上关灯之后没有光线，瞳孔散大，一刹那就会引起房角关闭，引起闭角型青光眼急性大发作，眼睛会胀疼，同时伴有半边头疼，出现恶心、呕吐等症状。