卵巢巧克力囊肿和卵巢输卵管囊肿，这两种囊肿经过积极治疗有可能会治愈，但是如果是生理性囊肿不需要治疗。此外，其他的囊肿需要手术治疗，吃药并不能治好。
卵巢巧克力囊肿也就是巧囊，通常伴有痛经、不孕等症状。如果囊肿直径比较小，可以给予药物治疗，包括GnRH类药物、孕激素类药物、口服避孕药等，直径4cm以下的囊肿，都可以首选药物治疗，此外还可以服用中药来进行治疗。但是如果囊肿直径超过4cm或者更大，或者出现了巧囊破裂，需要手术治疗。
输卵管卵巢囊肿其实是炎症的一种，如果在盆腔炎早期，积极规范使用抗生素，有可能会消失、治愈，但是也有可能长期存在。如果转变成了输卵管卵巢脓肿，还需要积极手术治疗。生理性的囊肿经过短期观察，月经后复查有可能消失。
除以上三种囊肿以外，其他的囊肿，大多数都是需要手术治疗的。
