通常绝大部分肺囊肿手术不会存在后遗症，目前手术保障方式较为安全。部分患者可能存在术后咳嗽、切口疼痛等不适表现。因患者体质千差万别，如果合并基础疾病，如肺气肿、呼吸功能不全、糖尿病、冠心病等，及患者存在高龄、体质较弱情况，手术风险性增大。而是否需手术、能否手术等均需交给专业医生进行评估。
肺囊肿术后部分患者会出现疼痛、麻木，与胸部手术入路有关。手术一般经两肋骨中间肋间走行，肋间一般存在肋间神经，手术会对神经造成刺激导致术后疼痛。术后咳嗽可能在部分患者中较为常见，一般和术中全麻麻醉插管对气管黏膜损伤刺激有关。而术后一定时期内表现咳嗽、咽喉部不适，通过药物调理可逐渐缓解改善。
