核磁共振是检查鼻咽癌病变最主要的检查手段，比CT更能发现软组织的受侵。鼻咽部的CT检查也很重要，能看到鼻咽部骨质侵犯的情况。鼻咽癌核磁共振表现一般分为T1项、T2项及T1增强项。

在鼻咽癌中，T1项能发现鼻咽部有软组织，鼻咽腔左右不对称，信号比周围的黏膜、肌肉稍微高。有时能看到鼻咽后方有淋巴结肿大，或者颈部有淋巴结肿大。有时侵犯咽旁间隙，跟颈内动脉有密切联系。如果侵犯鼻窦如蝶窦或颅底，可能也会发现信号高。

如果是T2，可能信号比肌肉更高，但是比鼻甲尤其下鼻甲和中鼻甲信号低，比脑脊液的信号低。有时做增强核磁共振，发现肿瘤比周围组织强化得非常明显。有的人也能很明显看到颈部淋巴结肿大，有些人会突破鼻咽部、咽旁间隙里、鼻窦、颅底、颅内，能看到软组织，也是强化得很明显的表现。