输尿管结石的手术治疗目前主要的方法是采用输尿管镜和腹腔镜两种方法，输尿管镜应用的更为广泛。

无论是男性和女性，在输尿管下段和中段的结石，一般都可以应用输尿管硬镜进行手术。在手术时将输尿管镜从尿道进入到膀胱里面，然后在导丝或者输尿管导管的指引下，使镜子从输尿管膀胱出口，进入到输液管内部，然后一直上行，直到遇到结石。然后应用碎石的设备，比如有气压弹道碎石、钬激光碎石，将比较大的输尿管结石打成比较小的结石碎块或者粉末，通过尿流或者由输尿管钳取出。

对于比较高位的输尿管结石，由于管腔直径的限制、输尿管比较迂曲等条件所限，输尿管硬镜从尿道口进入之后不能达到结石所在的位置。可以采用输尿管软镜，可以将高位的输尿管结石首先推到肾脏里面，然后通过软镜在肾脏内部直接将结石打碎和取出。

有一些输尿管结石体积比较大，甚至可以达到3-4厘米，应用输尿管镜处理显得力不从心。在这个时候可以采取腹腔镜，直接把输尿管切开，然后把石头取出，再将输尿管用可吸收线缝合，这样的方法也可以治愈结石。